स्वामी श्री गोविंदानंद सरस्वती महाराज ने ज्योतिर्मठ के शंकराचार्य स्वामी अविमुक्तेश्वरानंद पर काफी गंभीर आरोप लगाए हैं और उन पर तीखा हमला बोला है। गोविंदानंद सरस्वती महाराज ने स्वामी अविमुक्तेश्वरानंद को 'फर्जी बाबा' तक कह डाला। उन्होंने एक प्रेस कॉन्फ्रेंस कर ज्योतिर्मठ के शंकराचार्य पर बेहद गंभीर आरोप लगाए हैं। उन्होंने कहा, "मुक्तेश्वरानंद साधु या संत कहलाने लायक भी नहीं, शंकराचार्य तो बहुत दूर की बात है।