कई टैक्सपेयर्स और चार्टर्ड अकाउंटेंट्स ने ITR पोर्टल में गड़बड़ियों की शिकायत की है। जैसे कि पोर्टल खुलने में दिक्कत, एनुअल इन्फॉर्मेशन स्टेटमेंट (AIS) और Form 26AS का डाउनलोड न होना। इन सबके बीच ज्यादा टैक्सपेयर्स ने अपना रिटर्न फाइल कर दिया है। लेकिन, अभी भी बहुत से टैक्सपेयर्स हैं, जो रिटर्न फाइल नहीं कर पाए हैं।